Род Годуновых выдвинулся на первый план в бурные годы опричнины при Иване Грозном. Дмитрий Иванович, воевода и шурин царя Фёдора Иоанновича, стал фактическим правителем государства при этом кротком государе. Его сестра Ирина была царицей. После прекращения московской ветви Рюриковичей со смертью Фёдора, Земский собор избрал на царство самого Бориса.
Его правление началось с перспективных реформ, но было омрачено страшным голодом и ростом народного недовольства. Появление самозванца, объявившего себя «чудом спасшимся» царевичем Дмитрием, ввергло страну в хаос. Смерть Бориса в 1605 году и последовавшее убийство его юного сына Фёдора пресекли династию. Власть ненадолго перешла к Лжедмитрию I.
Смута поглотила государство. После низложения самозванца царём стал Василий Шуйский, но его власть была шаткой. Страну раздирали восстания и интервенция. Казалось, род Годуновых навсегда сошёл с исторической сцены. Однако его представители, пусть и не на престоле, продолжали играть заметные роли в событиях тех лет. Некоторые из них участвовали в ополчениях, боровшихся за освобождение Москвы.
Когда в 1613 году Земский собор избрал нового царя, Михаила Романова, это решение отчасти было продиктовано родственной связью его отца, патриарха Филарета, с прежней царской семьёй через брак. Так период, начавшийся возвышением Годуновых при Грозном, завершился воцарением Романовых, чья судьба оказалась прочно переплетена с их предшественниками на русском престоле.